1.1.1.1/18/A/092
„MiRNS nozīme saimniekorganisma-zarnu mikrobioma mijiedarbībā metformīna terapijas kontekstā uz metabolisma traucējumu fona”
Projekts tiek veikts Eiropas Reģionālā attīstības fonda (ERAF) 1.1.1.1. pasākuma "Praktiskas ievirzes pētījumi" 2. kārtas ietvaros.
Projekta identifikācijas Nr.: 1.1.1.1/18/A/092
Projekta izpildes termiņš: 2019. gada 1. aprīlis – 2022. gada 31. marts
Projekta kopējais finansējums: 648 648 EUR
Projekta zinātniskais vadītājs: Dr. biol. Jānis Kloviņš
Projekta kopsavilkums:
Izmaiņas zarnu mikrobioma pamata kompozīcijā ir saistītas ar dažādu slimību attīstību. Līdz šim nav izskaidroti šo noviržu pamatā esošie mehānismi. Ir pierādīts, ka saimniekorganisma miRNS ir iesaistītas saimniekorganisma un tā zarnu mikrobioma mijiedarbībā. Ir nepieciešama šīs mijiedarbības tālāka izpēte ar zarnu mikrobiomu saistītu slimību, piemēram, 2. tipa cukura diabēta (T2D) kontekstā, jo tai ir potenciāls radīt pilnīgi jaunas terapijas stratēģijas.
Projekta mērķisir izpētīt saimniekorganisma miRNS nozīmi metformīna izraisītās zarnu mikrobioma kompozīcijas un funkciju izmaiņās T2D kontekstā un identificēt miRNS paneli, kuru varētu izmantot turpmākos klīniskos pētījumos.
Mēs izmantosim ievērojamus paraugu resursus, kas ir ievākti jau pabeigta peļu eksperimenta ietvaros. Papildus tiks izmantoti arī kolonoskopijas laikā iegūti paraugi no pacientiem ar dažādu metabolo fonu. Mēs ar nākamās paaudzes sekvenēšanas palīdzību iegūsim zarnu metagenoma un miRNS kompozīciju datus un novērtēsim korelāciju starp miRNS un zarnu mikrobioma profiliem peļu modelī, kas saņem diētu ar paaugstinātu tauku saturu un pacientos.
Šis projekts radīs plašas zināšanas par saimniekorganisma miRNS un zarnu mikrobioma mijiedarbību T2D un sniegs jaunu informāciju personalizētas T2D terapijas pieeju attīstīšanai vai esošo stratēģiju uzlabošanai.
Informācija publicēta 26.03.2019.
Projekta progress:
2019. gada 1. aprīlis – 2019. gada 30. jūnijs
Šajā projekta periodā ir uzsākta iepriekš veikta dzīvnieku eksperimenta laikā iegūto zarnu mikrobioma paraugu apstrāde. Vispirms no paraugu kolekcijas ir atlasīti analizējamie zarnu lūmena un gļotādas mikrobioma paraugi. Ir izdalīta bakteriālā DNS no dažādu zarnu daļu paraugiem, un ir uzsākta to sagatavošana lielapjoma paralēlai sekvenēšanai. Paralēli ir apkopoti kritēriji pētījumā iekļaujamo brīvprātīgo atlasei. Ir noticis darbs pie cilvēku mikrobioma paraugu analīzei nepieciešamās metodoloģijas un protokolu izveides.
Informācija ievietota 28.06.2019.
Projekta progress:
2019. gada 1. jūlijs – 2019. gada 30. septembris
Šajā periodā tiek turpināta mikrobiālās DNS paraugu kvalitātes kontrole un sagatavošana lielapjoma paralēlai sekvenēšanai. Ir uzsākta no dažādām zarnu daļām iegūtu bakteriālās DNS paraugu sekvenēšana, veicot 16S rRNS gēnu populācijas analīzi. Tiek veikta iegūto datu sākotnējā analīze. Ir uzsākta paraugu atlase RNS izdalīšanai, kā arī noris darbs pie šo paraugu analīzei nepieciešamās metodoloģijas un protokolu izveides. Ir izveidoti protokoli cilvēka mikrobioma paraugu analīzei nepieciešamo paraugu ievākšanai.
Informācija ievietota 30.09.2019.
Projekta progress:
2019. gada 1. oktobris – 2019. gada 31. decembris
Šajā periodā tiek turpināta mikrobiālās DNS paraugu kvalitātes kontrole un sagatavošana lielapjoma paralēlai sekvenēšanai. Tiek turpināta no dažādām zarnu daļām iegūtu bakteriālās DNS paraugu sekvenēšana, veicot 16S rRNS gēnu populācijas analīzi. Tiek turpināta iegūto datu sākotnējā analīze un apkopošana. Tiek veikta paraugu atlase RNS izdalīšanai, kā arī ir izvēlēta šo paraugu analīzei nepieciešamā metodoloģija un izstrādāti protokoli. Ir uzsākta cilvēka zarnu mikrobioma paraugu ievākšana.
Informācija ievietota 30.12.2019.
Projekta progress:
2020. gada 1. janvāris – 2020. gada 31. marts
Šajā periodā ir pabeigta no dažādām zarnu daļām iegūtu bakteriālās DNS paraugu sekvenēšana, izmantojot 16S rRNS gēna sekvenēšanas metodi. Teik veikta RNS izdalīšana no paraugiem, tās kvalitātes kontrole un paraugu sagatavošana sekvenēšanai. Turpinās iegūto datu analīze un apkopošana. Turpinās darbs pie cilvēku zarnu mikrobioma paraugu ievākšanas.
Informācija ievietota 31.03.2020.
Projekta progress:
2020. gada 1. aprīlis – 2020. gada 30. jūnijs
Tiek veikta no dažādām zarnu daļām iegūtu bakteriālās DNS paraugu sekvenēšanas, izmantojot 16S rRNS metodi, datu analīze. Turpinās nukleīnskābju izdalīšana no paraugiem, to kvalitātes kontrole un paraugu sagatavošana sekvenēšanai, tiek plānota optimālā šo paraugu sekvenēšanas stratēģija. Turpinās darbs pie cilvēku zarnu mikrobioma paraugu ievākšanas.
Informācija ievietota 30.06.2020.
Projekta progress:
2020. gada 1. jūlijs – 2020. gada 30. septembris
Turpinās iegūto bakteriālās DNS paraugu sekvenēšanas datu analīze un rezultātu apkopošana. Ir veikta miRNS paraugu sekvenēšana, noris datu analīze un apkopošana. Ir veikta pētījuma dalībnieku atlase un paraugu ievākšana. Tiek veikta cilvēka zarnu mikrobioma paraugu apstrāde un sagatavošana sekvenēšanai. Sākta datu apkopošana par pētījumā iesaistītajiem dalībniekiem.
Informācija ievietota 30.09.2020.
Projekta progress:
2020. gada 1. oktobris – 2020. gada 31. decembris
Tiek turpināta miRNS paraugu sekvenēšanas datu analīze un apkopošana, kā arī korelāciju identificēšana ar bakteriālās DNS sekvenēšanas datiem, kas ir nepieciešama turpmākajos projekta īstenošanas posmos. Noris zinātniskas publikācijas sagatavošana. Turpinās cilvēka zarnu mikrobioma paraugu apstrāde un sagatavošana sekvenēšanai, kā arī ir uzsākta šo paraugu metagenoma sekvenēšana.
Informācija ievietota 30.12.2020.
Projekta progress:
2021. gada 1. janvāris – 2021. gada 31. marts
Turpināta miRNS paraugu sekvenēšanas datu analīze un apkopošana un korelāciju identificēšana ar bakteriālās DNS sekvenēšanas datiem. Ir sagatavots zinātniskas publikācijas manuskripts, kurā aprakstītas identificētās dažādās eksperimenta grupās atšķirīgi sastopamās miRNS un to saistība ar zarnu mikrobioma kompozīciju. Turpinās cilvēka zarnu mikrobioma paraugu apstrāde un metagenoma sekvenēšana.
Informācija ievietota 31.03.2021.
Projekta progress:
2021. gada 1. aprīlis – 2021. gada 30. jūnijs
Iesniegts zinātniskas publikācijas manuskripts, kurā aprakstītas zarnu gļotādas un fēču paraugos identificētās atšķirīgi sastopamās miRNS un to saistība ar zarnu mikrobioma kompozīciju. Tiek turpināta cilvēka zarnu mikrobioma paraugu apstrāde un metagenoma sekvenēšana. Noris iegūto metagenoma datu analīze. Uzsākta pētījuma dalībnieku bioloģiskā materiāla paraugu atšķirīgi sastopamo miRNS profila noteikšana.
Informācija ievietota 30.06.2021.
Projekta progress:
2021. gada 1. jūlijs – 2021. gada 30. septembris
Turpinās dažādu cilvēka bioloģiskā materiāla metagenoma sekvenēšanas datu analīze. Tiek noteiktas atšķirīgi sastopamās miRNS pētījuma dalībnieku bioloģiskā materiāla paraugos, kā arī ir uzsākta šo datu analīze. Sākta zinātniskas publikācijas manuskripta sagatavošana, kurā tiek raksturotas cilvēka zarnu mikrobioma paraugos sastopamās miRNS un to saistība ar mikrobiomu. Uzsākta dzīvnieku eksperimenta plānošana, lai funkcionāli validētu iegūtos rezultātus.
Informācija ievietota 30.09.2021.
Projekta progress:
2021. gada 1. oktobris – 2021. gada 31. decembris
Turpinās pētījuma dalībnieku bioloģiskā materiāla paraugos atšķirīgi sastopamo miRNS noteikšana un šo datu analīze. Turpinās zinātniskas publikācijas manuskripta sagatavošana, kurā tiek raksturotas cilvēka zarnu mikrobioma paraugos sastopamās miRNS un to saistība ar mikrobiomu. Saplānots dzīvnieku eksperiments, lai funkcionāli pārbaudītu iegūtos rezultātus. Sagatavots izmēģinājuma projekta apraksts, kuru ir izskatījusi PVD izmēģinājumu projektu izvērtēšanas komisija. Noris gatavošanās dzīvnieku eksperimenta īstenošanai.
Informācija ievietota 30.12.2021.
Projekta progress:
2022. gada 1. janvāris – 2022. gada 31. marts
Turpinās pētījuma dalībnieku bioloģiskā materiāla paraugos atšķirīgi sastopamo miRNS datu analīze. Noris zinātniskas publikācijas manuskripta sagatavošana, kurā tiek aprakstītas cilvēka zarnu mikrobioma paraugos sastopamās miRNS un to saistība ar mikrobiomu. Noris dzīvnieku eksperiments, kura ietvaros tiek testēta miRNS kandidātu ietekme uz zarnu mikrobiomu un slimības izpausmēm. Eksperimenta ietvaros iegūtie mikrobioma paraugi tiek atbilstoši apstrādāti un sekvenēti. Tiek sagatavots publikācijas manuskripts, kurā aprakstīti eksperimenta rezultāti.
Informācija ievietota 31.03.2022.