1.1.1.1/18/A/084

„Ekstracelulārajās vezikulās ietvertā cilvēka un mikrobioma transkiptoma klīniskā nozīme”

Projekts tiek veikts Eiropas Reģionālā attīstības fonda (ERAF) 1.1.1.1. pasākuma "Praktiskas ievirzes pētījumi" 2. kārtas ietvaros.

Projekta identifikācijas Nr.: 1.1.1.1/18/A/084

Projekta izpildes termiņš: 2019. gada 1. aprīlis – 2022. gada 31. marts

Projekta kopējais finansējums: 648 648 EUR

Projekta zinātniskā vadītāja: Dr. biol. Aija Linē

Sadarbības partneris: SIA “GenEra”

Projekta kopsavilkums:

Cilvēka asinīs esošās ekstracelulārās vezikulas (EVs) var būt veidojušās gan no dažādām normālām šūnām, gan arī vēža šūnām. Ir pierādīts, ka EVs, kas izolētas no vēža pacientu asinīm satur dažādas vēža specifiskas molekulas, tādēļ ar to palīdzību var atklāt vēža klātbūtni, prognozēt tā agresivitāti un izsekot slimības progresijai. Šis projekts ir balstīts uz mūsu iepriekšējo pētījumu rezultātiem, kas parādīja, ka EVs satur ne tikai dažāda veida RNS molekulas, ko producē cilvēka šūnas, bet arī mikroorganismu RNS. Šī projekta galvenais mērķis ir iegūt jaunas zināšanas par vēža pacientu asinīs esošo EV RNS saturu un to izcelsmi, un izpētīt to potenciālo pielietojumu trīs dažādu vēža veidu – prostatas, krūts un kuņģa vēža diagnostikā, prognostikā un agrīnā recidīvu noteikšanā.

Mēs plānojam paplašināt longitudinālu vēža biobanku, kas ietver detalizētu klīnisko informāciju, audzēja audu paraugus, kā arī vēža pacientu asins un fēču paraugus. EVs tiks izolētas no vēža pacientu un kontroles grupas plazmas un fēču paraugiem, un to RNS saturs tiks analizēts kopā ar katra pacienta audzēja un normālo audu RNS saturu. Tiks veikta virkne dažādu analīžu, lai novērtētu dažādu RNS klašu korelāciju ar klīniskiem un patoloģiskiem rādītājiem, un noteiktu to diagnostisko un prognostisko vērtību. Visbeidzot, tiks izstrādāti digitālā PCR testi izvēlēto RNS biomarķieru absolūtajai kvantificēšanai cilvēka plazmā un novērtēta to klīniskā lietderība.

Mēs sagaidām, ka šī projekta īstenošanas rezultātā tiks identificēti RNS biomarķieri, kas spēj parādīt vēža klātbūtni un/vai korelē ar tā agresivitāti un slimības gaitu, un ir pielietojami asins analīžu izstrādei. Pašlaik šī tehnoloģija ir TRL2 līmenī un mēs sagaidām, ka projekta beigās tā sasniegs TRL4.

Informācija publicēta 26.03.2019.

Projekta progress:

2019. gada 1. aprīlis – 2019. gada 30. jūnijs

1. Tika iesākts darbs pie veselo donoru kohortas veidošanas;
2. Tika sagatavots un iesniegts CMĒK pieteikums par EV biomarķieru izpētes veikšanu prostatas vēža pacientu klīniskajos paraugos;
3. Iesākts darbs pie EV izolēšanas no pacientu plazmas paraugiem;
4. Iesākts darbs pie protokola optimizēšanas mazo RNS bibliotēku sagatavošanai un sekvenēšanai;
5. Iesākts darbs pie metodes izstrādāšanas EV izolēšanai no fēču paraugiem.

Informācija publicēta 31.07.2019

Projekta progress:

2019. gada 1. jūlijs – 2019. gada 30. septembris

1. Tiek turpināts darbs pie EV izolēšanas no pacientu un veselo donoru plazmas paraugiem.
2. Tiek salīdzināti dažādu ražotāju reaģentu komplekti mazo RNA bibliotēku konstruēšanai, lai izvēlētos optimālo risinājumu.
3. Izstrādāta metodika EV izolēšanai no fēču paraugiem un iesākta to raksturošana.

Informācija publicēta 30.09.2019.

Projekta progress:

2019. gada 1. oktobris – 2019. gada 31. decembris

1. Izdalīta RNS no 4 PC pacientu audzēja un normāliem prostatas audiem, plazmas un urīna EV paraugiem.
2. Izdalītas EVs no 2 veselu cilvēku fēču paraugiem un tiek turpināts darbs pie to raksturošanas.
3. Uzkonstruētas un nosekvenētas 48 mazo RNS bibliotēkas no PC pacientu plazmas un urīna EV, kā arī audzēja un normālo audu RNS paraugiem.

Informācija publicēta 30.12.2019.

Projekta progress:

2020. gada 1. janvāris – 2020. gada 31. marts

Tiek turpināts darbs pie EV izolēšanas no prostatas un krūts vēža pacientu plazmas paraugiem, EV kvantificēšanas, RNS izolēšanas un RNS sekvenēšanas bibliotēku konstruēšanas, taču darbu ievērojami apgrūtina reaģentu un materiālu piegāžu kavēšanās. Kamēr kavējas jaunu sekvenēšanas datu iegūšana, cenšamies optimizēt sekvenēšanas datu analīzes rīkus.

Informācija publicēta 31.03.2020.

Projekta progress:

2020. gada 1. aprīlis – 2020. gada 30. jūnijs

Tika pabeigts darbs pie EV izolēšanas no prostatas vēža pacientu asins un urīna paraugiem, RNS bibliotēku konstruēšanas un sekvenēšanas. Pašlaik notiek iegūto datu apstrāde un analīze un ir iesākts darbs pie publikācijas sagatavošanas. Paralēli tiek turpināts darbs pie EV izolēšanas no veselu cilvēku asins un fēču paraugiem, kā arī krūts vēža pacienšu plazmas paraugiem.

Informācija publicēta 30.06.2020.

Projekta progress:

2020. gada 1. jūlijs – 2020. gada 30. septembris

Šajā periodā galvenā uzmanība tika vērsta uz prostatas vēža pacientu RNS sekvenēšanas datu analīzi. Pēc datu primārās apstrādes, visas RNS bibliotēkas tika kartētas pret cilvēka genomu un izveidots katrā paraugā atrasto RNS tipu katalogs. Pēc tam tika veikta virkne korelācijas un diferenciālās ekspresijas analīžu un identificēti potenciālie biomarķieru kandidāti, kas tiks validēti, izmantojot digitālo pilienu PCR. Paralēli tika turpināts darbs pie EV un RNS izolēšanas no krūts vēža pacienšu plazmas paraugiem, RNS sekvenēšanas bibliotēku konstruēšanas un sekvenēšanas. Pašlaik tiek gatavoti divi publikāciju manuskripti.

Informācija publicēta 30.09.2020. 

Projekta progress:

2020. gada 1. oktobris – 2020. gada 31. decembris

Šajā periodā tika uzsākta jaunu pacientu iesaistīšana pētījumā un biobankas papildināšana. Tika turpināts darbs pie prostatas vēža pacientu RNS sekvenēšanas datu analīzes – tika veikta audzēju un normālo audu transkriptoma bibliotēku kartēšana, transkriptu identificēšana un diferenciāli ekspresēto mRNS un lncRNS analīze. Iesākts darbs pie audzēja somatisko mutāciju noteikšanas audu un EV RNS bibliotēkās. Tika turpināts darbs pie EV un RNS izolēšanas no krūts vēža pacienšu plazmas paraugiem, RNS sekvenēšanas bibliotēku konstruēšanas un sekvenēšanas. Rezultāti tika prezentēti virtuālajā simpozijā “Extracellular Vesicles in Pathophysiology“. Tika sagatavots un iesniegts viens apskata raksts, bet darbs pie oriģinālā raksta sagatavošanas tiek turpināts.

Informācija publicēta 30.12.2020. 

Projekta progress:

2021. gada 1. janvāris – 2021. gada 31. marts

Šajā periodā tika turpināta jaunu pacientu iesaistīšana pētījumā un biobankas papildināšana. Analizējot prostatas vēža pacientu RNS sekvenēšanas datus, tika atlasīti biomarķieru kandidāti no dažādām RNS klasēm – mRNS, lncRNS, miRNS un piRNS, un uzsākta to testēšana ar ddPCR validācijas paraugu kopā. Tika turpināts darbs pie EV un RNS izolēšanas no krūts vēža pacienšu plazmas paraugiem, RNS sekvenēšanas bibliotēku konstruēšanas un sekvenēšanas. Ir iznācis apskata raksts: M Leja, A Linē. Early detection of gastric cancer beyond endoscopy-new methods. Best Practice & Research Clinical Gastroenterology, 2021, kurā apkopoti jaunākie dati par ne-invazīvajiem biomarķieriem kuņģa vēža diagnostikā.

Informācija publicēta 31.03.2021. 

Projekta progress:

2021. gada 1. aprīlis – 2021. gada 30. jūnijs

Šajā periodā tika turpināta jaunu kuņģa un krūts vēža pacientu iesaistīšana pētījumā un biobankas papildināšana. Tika turpināta iepriekš atlasīto RNS biomarķieru kandidātu testēšana prostatas vēža pacientu asins un urīna EV paraugos, izmantojot ddPCR. Tika turpināts darbs pie EV un RNS izolēšanas no krūts vēža pacienšu plazmas paraugiem, RNS sekvenēšanas bibliotēku konstruēšanas un sekvenēšanas un iesākta iegūto datu analīze.

Informācija publicēta 30.06.2021. 

Projekta progress:

2021. gada 1. jūlijs – 2021. gada 30. septembris

Arī šajā periodā tika turpināta jaunu kuņģa un krūts vēža pacientu iesaistīšana pētījumā un klīnisko paraugu vākšana. Tika turpināts darbs pie EV un RNS izolēšanas no krūts vēža pacienšu plazmas paraugiem, RNS sekvenēšanas bibliotēku konstruēšanas un sekvenēšanas un turpināta iegūto datu analīze. Tika iesākts darbs pie krūts vēža audu transkriptomu bibliotēku konstruēšanas. Tika turpināts darbs pie publikācijas sagatavošanas par prostatas vēža EV biomarķieriem.

Informācija publicēta 30.09.2021.

Projekta progress:

2021. gada 1. oktobris – 2021. gada 31. decembris

Šajā periodā galvenā uzmanība tika vērsta uz krūts vēža pacienšu plazmas EV RNS satura analīzi – tika turpināts darbs pie EV RNS bibliotēku konstruēšanas, sekvenēšanas un iegūto sekvenēšanas datu analīzes. Tika testētas dažādas bioinformātikas metodes dekonvolācijas analīzei un audzēja somatisko mutāciju detektēšanai EV RNS. Tika turpināta jaunu kuņģa un krūts vēža pacientu iesaistīšana pētījumā un klīnisko paraugu vākšana. Pašlaik sagatavošanā ir divas publikācijas par prostatas un krūts vēža EV biomarķieriem.

Informācija publicēta 30.12.2021. 

Projekta progress:

2022. gada 1. janvāris – 2022. gada 31. marts

Šajā periodā ir noslēgusies pacientu iesaistīšana pētījumā un klīnisko paraugu vākšana. Tika pabeigts darbs pie krūts un kuņģa vēža pacientu plazmas EV RNS bibliotēku konstruēšanas un sekvenēšanas, kā arī ddPCR testu izstrādes. Pašlaik notiek intensīvs darbs pie iegūtu rezultātu apkopošanas, analīzes un interpretācijas. Iegūtie rezultāti tika prezentēti četrās konferencēs un pašlaik tiek gatavotas trīs publikācijas, kurās būs apkopoti šajā projektā iegūtie rezultāti.

Informācija publicēta 31.03.2022.